O Conselho Científico é o órgão que define e superintende a política científica do Instituto. Compete ao Conselho Científico:
a) Definir a política de investigação do Instituto, tendo em conta as linhas gerais de orientação da Universidade e do Conselho do Instituto;
b) Aprovar os planos de actividade e os relatórios anuais dos departamentos e centros de investigação;
c) Aprovar as propostas de admissão e recondução do pessoal docente, bem como do pessoal investigador;
d) Pronunciar-se sobre a transferência de professores;
e) Propor a abertura de concursos de professores e a composição dos júris, depois de ouvidos os respectivos departamentos;
f) Propor a concessão do grau de doutor honoris causa e de outros títulos ou distinções honoríficas, mediante o voto favorável de dois terços dos seus membros;
g) Reconhecer, nos termos da lei, graus e habilitações académicas a nível do primeiro ciclo obtidos noutros estabelecimentos de ensino superior estrangeiros;
h) Decidir sobre as propostas de constituição dos júris para as provas de mestrado;
i) Propor a composição dos júris de outras provas académicas;
j) Pronunciar-se sobre pedidos de concessão de equivalência de doutoramento e de mestrado e propor a nomeação dos júris de doutoramento;
k) Propor a criação de novos ciclos de estudos e aprovar os planos de estudo referentes à criação ou reestruturação de ciclos de estudos em que o Instituto seja parte interveniente;
l) Decidir ou pronunciar-se sobre os demais assuntos previstos na lei e nos regulamentos internos da Universidade;
m) Desempenhar as demais funções previstas na lei e nos presentes Estatutos.
O Conselho Científico pode delegar no Presidente as competências que entenda adequadas ao seu bom funcionamento
Membros do Conselho Científico
Eunice Maria da Silva Ribeiro (Presidente)
Representantes dos Professores e Investigadores de carreira Manuel Rosa Gonçalves Gama
Joaquín Núñez Sabarís
Maria Cristina Daniel Álvares
Sérgio Paulo Guimarães Sousa
Virgínia Conceição Soares Pereira
Joanne Madin Vieira Paisana
Margarida Isabel E. Silva Pereira
Maria Eduarda Bicudo Azeredo Keating
Luís Filipe Barbosa Loureiro Pipa
Jaime José Becerra Costa
Isabel Cristina Brito Pino Mateus
Maria Micaela Dias P. Ramón Moreira
Isabel Cristina Costa Alves Ermida
Carlos Manuel Ferreira Cunha
Vitor Manuel Ferreira Ribeiro Moura
Representantes do Centro de Investigação Idalete Maria Silva Dias
Ana Gabriela Vilela Pereira Macedo
Álvaro Iriarte Sanromán
Carlos Alberto Mendes Sousa
Bernhard Josef Sylla
Orlando Alfred Arnold Grossegesse
João Manuel Cardoso Rosas
Representante dos Outros Docentes e Investigadores Detentores do Grau de Doutor Pedro Dono López
Fernando Gonçalves Ferreira Alves
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